鸳鸯阵阵形以12人为一队，最前为队长，次二人一执长牌、一执藤牌，长牌手执长盾牌遮挡倭寇的重箭、长枪，藤牌手执轻便的藤盾并带有标枪、腰刀，长牌手和藤牌手主要掩护后队前进，藤牌手除了掩护还可与敌近战。再二人为狼筅手执狼筅，狼筅是利用南方生长的毛竹，选其老而坚实者，将竹端斜削成尖状，又留四周尖锐的枝桠杈，每支狼筅长3米左右，狼筅手利用狼筅前端的利刃刺杀敌人以掩护盾牌手的推进和后面长枪手的进击。接着是四名手执长枪的长枪手，左右各二人，分别照应前面左右两边的盾牌手和狼筅手。再跟进的是使用短刀的短兵手，如长枪手未刺中敌人，短兵手即持短刀冲上前去劈杀敌人。最后一名为负责伙食的火兵。“鸳鸯阵”不但使矛与盾、长与短紧密结合，充分发挥了各种兵器的效能，而且阵形变化灵活。可以根据情况和作战需要变纵队为横队，变一阵为左右两小阵或左中右三小阵。当变成两小阵时称、“两才阵”，左右盾牌手分别随左右狼筅手、长枪手和短兵手，护卫其进攻；当变成三小阵时称“三才阵”，此时，狼筅手、长枪手和短兵手居中。盾牌手在左右两侧护卫。这种变化了的阵法又称“变鸳鸯阵”。此阵运用灵活机动，故而甘修就引用阵式；不过他也以当前拥有的人员与兵器，实际灵活地改编新的阵式。

    甘他是以五人为一伍，为纵深型，可变阵形。前面两人为持盾牌兵，以盾牌遮挡敌人的重箭，枪弹等，以保护后方军士。两名盾牌兵持盾牌的同时左边的持盾兵带有是长矛，以阻击敌人近身，而右持盾兵就是近战武器，诸如腰刀或大刀又或者是剑类，用于近身搏斗。持盾兵的身后各一左右分立一名士兵，左边士兵持短刀的同时也带有标枪，弓箭用于远距离杀伤敌人；而右士兵则持较长的一类长杆兵器，专门负责配合偷袭敌人。而最后一个也就是伍长本人，作用于观察敌情，指挥，并保持与相邻阵式的配合默契。这一点就与戚继光所创鸳鸯阵不同，甘修所创的指挥系统在最后，是因为当今火器到了一定的火候，在一定的距离上，铳是无法击破盾牌的。但如果照戚继光所设阵式；要是敌人也只进行远程，诸如弓箭，铳等打击的话，首先没有防护的第一个人肯定瞬间即逝。所以甘修就把伍长设在最后，同时只要有多余的盾牌的话，均分给最后的伍长；如果左右一侧攻击较重的话，可以调派过去支援其阵脚。

    编制完成后，于第二天二十九日，甘修就于就领着他自己所设立的阵形阵法，带领所五百营的将士在一整天忙碌着练兵排阵。甘修虽说他有那个能力能领导一群新兵一举击溃，现在占据着鹿港口的海盗。虽然，那万翰海也带了些人离开了；虽其现在其港口驻守不过一百六十二人。但是那些海盗都是长年征战且经丰富的老兵，甘修并不想已方出现有大的伤亡，必竟他不是想在穿越的第一仗就有如此伤亡巨大。要是出现较大伤亡的话，叫后世当海军高级别军官的甘修的脸往那能放啊！但又距离二十九晚出击所剩余时间不多，能练多少就是多少。甘修深知兵员的素质与将帅的指挥才能，才是胜利的关键，新兵去打老兵，多少是吃亏的。