代善的政治生命，并没有因大妃事件而彻底结束。虽然他与汗位失之交臂，但在朝廷中却仍有举足轻重的地位。他仍然拥有自己的势力，他的身边，也仍有着一群忠心于他的党羽。因此，后来在皇太极长达十七年的统治中，代善过得并不舒心，皇太极表面虽然对他礼待尊重，实际上却是处处打压，代善和他的两个儿子，常常因为一些莫名其妙的理由被罚，而且被罚得很窝囊。

    其实，皇太极的行为也是可以理解的，努尔哈赤在世时，代善宽柔的性格就为他赢得了朝廷上下，几乎全部的人心。不论是在群臣中，还是在宗室里，他都有很高的声望，群众基础相当好。在支持皇太极登基的过程中，他与两个儿子又不断推波助澜，其子岳托、萨哈廉通过这件事紧紧地围绕在皇太极周围，走到了后金国权力的中心，在这种情况下，代善实际上成了一人之下、万人之上的后金二号人物。心思深沉、腹黑多疑的皇太极对他有所忌惮也是很正常的事情。再加上代善很会笼络人心，虽然表面顺从，背地里却常常倚老卖老，做出一些令皇太极不那么舒服的小动作，因此皇太极心里对他就更加不满了。但皇太极毕竟老谋深算，深谙为君之道，对他的这个皇长兄一直采用打一记给一个甜枣的策略，敲敲打打，恩威并施，将代善牢牢地攥在手掌心之中。

    天聪九年，蒙古察哈尔部来归。皇太极命诸贝勒大臣从前来归降的蒙古福晋、格格们中选择中意之人充实自己的后院。

    代善一眼便看中了有财有貌的苏泰太后。但这苏泰太后是皇太极心腹之臣济尔哈朗的妻妹，而济尔哈朗也早就钟情于这个小姨子。早在他们归降之前，济尔哈朗就已前去皇太极处“求婚”，并且已经获得了他的首肯。皇太极既已答应了济尔哈朗，自然就不能再答应代善。于是，他让代善娶囊囊太后娜木钟。但代善嫌囊囊太后年纪大，不肯从命，又转而要了既漂亮又富有的察哈尔汗之女泰松格格。但即便如此，他还是心有不甘，多次向大汗提出要强娶苏泰太后，但都遭到了皇太极的拒绝。代善因此怀恨在心，觉得皇太极偏心济尔哈朗，有意欺负自己的大哥。