八月初八日，刘丽川又派数十人前往南汇，同当地百龙党会合，并在其首领朱月峰、沈绍、祝月廉、赵茂贞、西祝三等率领下，于次日清晨攻下南汇县城。将县衙捣毁，知县章惠被活捉后自缢身亡。起义军以“大明国”名义发布告示，令富户出米粮以济军食。
八月十一日，征东将军张汉宾等率数百人，奉命往攻川沙厅，署同知窦塾逃往松江，参将、守备也弃城逃命，起义军顺利占据了川沙厅城。
八月十五日，周立春率领数百人来到青浦。一部分人正面进攻，另一部分人，扮作烧香农民，潜入城内。起义军利用里应外合的策略.将县城攻破，捣毁县署，推罗店人朱济川为元帅，发布以太平天国名义的告示。
军在占据上海及其附近地区后，不仅实力大为加强，而且在地域上联成一片，给清统治造成极大威胁。为了进～一步扩大战果，并向太平军靠拢，起义军曾两次进军太仓.以期进而夺取苏州。太仓一带的小刀会组织，利用知州蔡映斗招募乡勇之机，纷纷应募，以便作为内应，人月十二日，军在潘起亮、王国初等率领下，分别从上海和嘉定出发，进兵太仓。当王国初一支队伍抵达太仓附近时，潜伏在乡勇中的小刀会成员，立即起而响应，起义军趁势从城南攻人城内。前锋400余人占据州城衙署，释放囚犯。另一支队伍也从州城东门攻入城内。这时，吴县知县丁国恩闻讯率清军与乡勇赶来救援，起义军遂撤回上海与嘉定。八月十四日，王国初又率领千余人由水陆两路再次进兵延仓。守城清军在丁国恩指挥下，进行顽抗。他们凭借太仓城墙坚固，且居高临下，用大炮轰击，起义军损失百余人，被迫放弃了攻占太仓的计划。起义军领导还派李咸池只身乘船前往厦门，以联络闽南小刀会，要求后者拨3000名鸟枪手来沪增援。旋因闽南小刀会本身已处于被包围之中，无力应援。厦门被清军攻占后，李咸池在福建龙溪被捕牺牲。另外，刘丽还派副元帅张金山等五人，去宁波联络镇海双刀会首领洪世贤。张金山等来到浙江鄞县，秘密联络到慈溪、奉化、镇海、定海等县的秘密会党，拟于十月初举行起义。旋为当地团练侦知并诱杀。
吴县知县丁国恩在救援太仓一役中得手后，于八月十八日进兵嘉定。双方在外港镇发生激战，“血流成渠”，起义军难以抵挡，只得撤回城内，致使嘉定四面被围。这时，当地地主武装也来帮助攻城，城内的豪绅，又充当内应。二十日，清军与团练终于将城攻破，徐耀与周立春之女秀英杀出包围圈，撤往南翔。周立春力竭被俘，在押往苏州后遇害，王国初则不知所终。丁国恩攻破嘉定后，又带领兵勇前往南翔，追击徐耀一支队伍。徐耀、周秀英只得退回上海。丁国恩在南翔焚毁了徐耀等人的房屋以泄愤。嘉定被清军攻占，躲在宝山城外的典史曹某与南汇都司景又春等，纠集溃散的清军和乡勇1000多人，攻占了宝山，守将王小山等撤回上海。同一天，在乡的刑部主事刘存厚带领兵勇进攻青浦起义军不敌，被清军攻破。清军进入青浦后，大肆杀烧抢劫。以致“县后街一带，路上有首无身，有身无首者，累累不绝，不知民房中更若何景象也”!
军在嘉定、宝山、南翔、青浦等地接连受挫，只得全部撤回上海县城。清政府开始对上海县城进行全面围攻。甚至不惜把镇压太平天国前线的“江南大营”副头子、署理江苏巡抚许乃钊，调往镇压的前线。同时令署理按察使吉尔杭阿，总兵嵩林、参将秦如虎等，一同前往。在美国领事帮助下逃走的上海兵备道吴健彰为了将功赎过，也跑到苏州、镇江去求救兵，并令他预先在广东雇募的30艘拖船及水勇，经香港前来上海。美国领事金能亨又把一艘本来属于小刀会战利品的洋船及所载枪械弹药，交给吴健彰。
八月二十六日，清军5000余人来到离城12里的曹家渡扎营，起义军闻讯，派2000人前往劫营，双方交火后，起义军稍有伤亡，被迫撤回。次日，清军水师80余艘战船，4000余名兵勇，来到黄浦江下游，在大东门外靠岸，以大炮向城内轰击。二十八日清晨，清军开始攻城，在起义军猛烈抵抗下，清军只得撤退。此后，双方在上海县城开始了长时间的攻防战。经过一个月的围攻，清军并未取得多少进展，而起义军的防守，却明显加强了。
清军见上海县城久攻不下，便用招降的办法对起义军进行分化瓦解。结果造成李少卿等人的叛降，一些动摇分子也随之出城投降，并引起小刀会内部的分裂。不过，清军仍难将城攻破，一直与军处于对峙状态达一年之久。
上海并迅速占领上海及其附近地区，对外国侵略势力也造成了巨大威胁，特别是外商的经济利益受到巨大损失。臼于清军对上海县城的长期包围，大批外国商品，尤其是棉纺织品，无法销售，只能在仓库里沉睡。他们购买的茶叶，也无法运出。那些鸦片商，更是一筹莫展。赶的经济利益，驱使外国侵略者必然对军持敌视态度，并因此与清朝当局勾结起来，共同镇压小刀会。借口挑起“泥城之战”迫使清政府签约出卖了上海海关的主权后，它们撕下了“中立”的伪装，公开站在清政府一边。1854年6月11日，美国公使麦莲同英法美三国领事磋商，决定共同向小刀会施加压力，企图迫使小刀会撤出上海，遭到小刀会的严词拒绝。同年9月下旬，吉尔杭阿趁法国公使布尔布隆等来上海之机，“直截了当地要求法国派兵力帮他制服叛军”。布尔布隆在上海逗留了两个月，与清政府当局进行讨价还价。在此期间，英美法三国又加紧向起义军施加压力，在租界边上修筑界墙，以断绝上海县城与租界间的往来，切断起义军与郊区人民间的联系。法国侵略者在所提出的条件得到满足后，便决定公开向起义军发动进攻。为了寻找借口，法国军事头目辣厄尔以起义军修筑的炮台，威胁到法租界的安全为理由，要求起义军把炮台拆除。12月14日正式向军宣战。起义军不予理睬，辣厄尔便派出200名雇工，在40名水兵保护下，前去拆除起义军的炮台。起义军鸣枪示警，雇工们纷纷逃散，法国水兵遂向起义军开火。12月9日下午，法国军舰高尔拜号用大炮向上海县城轰击。次日，法军又联合清军对上海县城发动猛攻，是为“北门之战”。法军利用军舰高尔拜号和贞德号上的大炮及距县城百码处新建的炮台，猛烈轰击县城。后来，法军利用距法国租界不远处的一段城墙缺口，进入城内，在城内大肆抢劫。小刀会在城内奋勇迎战，经过四小时的激战，终于将法军击退，与法军一同进入城内的清军，也在遭受到大量伤亡后，逃出城来。
清军与法国侵略者联合攻城失败后，清军便进一步加紧了对县城封锁，企图使城内粮食供应完全断绝，以迫使起义军投降。英美法等国租界界墙上也加强了巡逻以断绝城内与外界的联系。清政府与外国侵略者的上述措施，给城内居民造成巨大困难。起义军在内无粮食，外无救援的情况下，决定突围出城。刘丽川与陈阿林分别带领队伍，约定突围成功后，在西门外某地会合，以便前往镇江投奔太平军。当天夜晚，刘丽川与陈阿林率领队伍，打开西门，突围而出。刘丽川一支队伍，由于有清军中向导的引路，顺利通过敌人营地，来到城郊西面的小闸桥地方，假称松江兵呼渡，守军因黑夜难辨真伪，拒绝往渡，起义军情急之下，即向守渡者开火，乡民闻听枪声，即行呜锣聚众，刘丽川只得率众逃避。天明时，在虹桥与清总兵嵩林所率兵勇相遇，经过一场殊死搏斗，起义军终因长期饥饿，体力不支而溃败，刘丽川在战中被杀，潘起亮带领一部分人成功地突破重围，参加了太平军。陈阿林带领的一支队伍，由于黑夜迷路，未能到达预定地点，只得进入租界，被一位美国军官收容，剃发异服，但大部分仍被清方查获。陈阿林藏匿在一位乡民家中，后逃离上海，前往香港，又辗转到了新加坡。城破时，徐耀带领一部分人，：汾成乡民，从小东门出逃，旋为清军捕杀。
清军进入上海县城后，一方面纵火焚烧劫掠，同时在城内大肆捕杀幸存的起义者。“在三天内，约有一千五百名被斩首，其中有许多名惨遭凌迟之刑”。
上海在坚持18个月之后，最终还是失败了。究其失败的原因，除了因中外反动势力联合而造成敌强我弱的客观条件之外，起义军内部缺乏强有力的领导核心、没有正确的斗争纲领、内部派系纷争，小集团意识浓厚、起义后期纪律松弛，损害群众利益，失去人民的支持与：帮助、为得到太平天国的认可而放弃原来的信仰，改信基督教，在小：7丁会内部造成思想混乱，使得原来借以维系内部团结的信仰遭到破坏，又与大多数中国民众的宗教习俗相抵触，从而产生出一股强大的离心力。
上海虽然失败了，但它在中国近代史和中国会党史上，却占有重要地位。它是太平天国时期各地人民群众武装反抗斗争的重要组成部分，有：匀地打击了国内外统治阶级的嚣张气焰。不仅使清政府的虚弱暴露：无遗，而且使外国侵略者“损兵折将”，使西方武器“丧失威信”，连“西方国家对东方民族一向自矜自持的优越感，也遭到破产”。上海在中国会党史上也占有重要地位。上海小刀会吁是天地会系统的三合会、小刀会与其他秘密会党的联合体，它标志着秘密会党从分散走向联合，上海，又使会党从秘密走向公开。在起义军控制上海及其附近地区期间，小刀会建立了自己的统治，大大加强了秘密会党在群众中的影响。小刀会在与国内外统治阶级历时18个月的斗争中，增长了才干，扩大了眼界，使秘密会党分散、保守、落后的弱点，有了某些克服。当然，最重要的一点是，人们从这次起义中，更清楚地看到，秘密会党作为一种原始形式的落后组织，尽管在斗争中表现出令人钦佩的英雄气概，但不可能把斗争引向成功，劳动人民也不可能从他们那里找到出路。
在盖尾一带，乌白旗有着较深厚的群众基础，清军难以强取，便按兵不动，秘密派兴化兵丁连捷高暗杀了白旗的首领朱三。起义军为了泄愤，遂将连捷高之子杀毙。朱三死后.其部下或受抚，或解散，只剩下盖尾的乌旗，继续坚持斗争。九月中旬，清军又攻破盖尾乡.乌旗首领朱五、陈万年、陈尾等牺牲，仅林俊、黄有使得以幸免。林俊逃至永春、南安交界的云峰乡，黄有使先逃至南安的溪东乡，投奔陈溪，后得知林俊已到云峰乡，即冒险往投，结果在中途遇难。林俊后来又回到了南安的内炉乡，此后一段时问林俊便销声匿迹了。
咸丰五年，林俊又一度东山再起，但旋即失败，再次潜伏下来。咸丰七年初，太平军从江西进入闽北，林俊受到鼓舞，趁势攻下沙、尤溪、大田一带。同年四月，又赴南安大罗溪一带活动，并一度攻打到泉州和南安。后又再次攻沙县，连战七天未破，只得率师北上，欲投奔太平军。行至光泽县的仁寿桥地方，被当地练总张崇旺所包围，林俊中弹牺牲。余部或战死，或被俘，起义至此最后失败。
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